よくあるご質問

よくあるご質問

FAQ

ご注文について

どのように注文すれば良いですか?

まずはお問い合わせください。どのような試料を分析できるのかなど、サービスについてのご説明を直接伺って、場合によっては電話・メールで行います。
お問い合わせの際に、
・分析したい試料
・特に注目している代謝物質(あれば)
・ご所属
を明記いただきますと、その後の対応がスムーズになります。

お客様のご要望をお聞きしたうえで、解析サービスのお見積りを作成いたします。見積書は基本的にPDF形式の見積書をメールでお送りしております。見積書原本が必要な場合は、担当者にお申し付けください。

ご発注は、見積書と同時にお渡しする発注書に必要事項を記入の上、FAXしていただきます。

パスウェイマッピングとはどんなサービスですか?

パスウェイマッピングは、複数検体の測定データを1つのグラフにまとめ、代謝経路図へマッピングするサービスです。分析結果を視覚的に検討することができ、すべての受託解析サービスにデフォルトで付属しています。

PCA(主成分分析)/ヒートマップとはどんなサービスですか?

主成分分析は元のデータの情報を出来るだけ失わないように2次元(または3次元)に変換し、大きなサイズのデータを視覚的に理解する目的でよく用いられる解析手法です。
ヒートマップは、クラスタリング結果を数値の大小を色の濃淡で表現するヒートマップで視覚的に表示するサービスです。クラスタリングとは対象間の距離を定義し、距離の近さによって対象を分類する統計手法の一つです。クラスタリングの手法は様々ありますが、当社では傾向の似たサンプルを併合してグループにまとめる階層的クラスタリング(Hierarchical Cluster Analysis)を用いています。

サンプルについて

どのようなサンプルの分析が可能ですか?

生体試料であればほとんどの試料が分析可能です(詳細な分析実績のある試料)。

ただし、下記の試料については分析できない場合がございます。
・粘性が非常に高い
・塩濃度が非常に高い
・イオン化されにくい
・高分子化合物(分子量1000以上)
・固定化されている

できる限りご期待に沿えるよう努力いたしますので、一度お問い合わせください。

灌流した動物組織は解析できますか?

灌流の有無に関わらず分析が可能です。

灌流した場合、組織に含まれる血液成分の影響を排除したデータを得ることができますが、操作中に起こる代謝変化が結果に影響する可能性がありますので、試験の目的に応じて実施の有無をご判断下さい。

必要なサンプル量はどれくらいですか?

基本的には液性成分は100uL、個体は50mg、培養細胞は10^6 cellsとお考えください。ただし、念のため実際の必要量よりも多めに試料を用意していただいております。検体によって必要量は上記の限りではありませんので、詳しくはお問い合わせください。

試料タイプ 1検体に必要な試料量
血液(血漿、血清) > 120 µL
CSF > 50 µL
尿、培養上清 > 100 µL
組織(肝臓、骨格筋) 30~50 mg
培養細胞(HepG2など) 2~5×10^6 cells
浮遊細胞(CHO細胞など) 2~5×10^6 cells
微生物(大腸菌/直径1 µm) 20/OD600相当 1×10^9 cells
微生物(酵母/10 µm) 10/OD600相当 1×10^8 cells
微生物(糸状菌)* 50 mgの菌体量
藻類(クラミドモナス) 40/OD600相当 2×10^9 cells
植物 > 100 mg
昆虫 > 100 mg

*糸状菌はサンプルテストが必要となります

必要なサンプル量をそろえるのが難しいのですが、解析はできませんか?

基本的には液性成分は100uL、個体は50mg、培養細胞は10^6 cellsとお考えください。念のため実際の必要量よりも多めに試料を用意していただいており、ご用意いただける範囲のサンプル量で解析可能な場合もございますので、お問い合わせください。

サンプル量は直接検出物質の数と感度に影響を及ぼしますので、用意できるサンプル量が実際の必要量よりも少なかった場合は、サンプルテストを実施し対象とする物質の検出の可否を確認されることをお勧めしております。

サンプルのpHが高い(低い)のですが分析はできますか?

培地などの中にはpHが高い(低い)サンプルがあります。pHはCEでの分析に影響を及ぼしますが、HMTでは適宜処理をしていますので極端なpH(pH2やpH13)でなければ基本的には分析可能です。

お客様のサンプルのpHが高い(低い)と思われる場合は、あらかじめお知らせください。

染色したサンプルでも大丈夫ですか?

CE-TOF MS測定において、着色自体は問題ありません。前処理工程で取り除けない場合でも、析出等なければ大丈夫です。

サンプルにアルコール成分が含まれていても大丈夫ですか?

細胞など細胞内にアルコール成分(エタノール等)が含まれていることがありますが、分析には特に問題ありません。粘性や結晶性の高いアルコールでなければ大丈夫です。

n はどれくらい必要ですか?

HMTの推奨検体数は、培養細胞・微生物の場合は1~3程度、飼育動物・栽培植物の場合は3~10程度、臨床試料・野生動植物の場合は20~です。

培養細胞・微生物の場合、細胞集団の不均一性を解消(同調)できるときはn=1でも結果は出せます。

飼育動物・栽培植物の場合、薬剤応答などで検証できる場合はn=3でも結果は出せます。単純な差分解析の場合はn=5~10が望ましいです。

臨床試料・野生動植物の場合、個人差についてはn=20くらいで評価できます。症状がはっきりしている場合はn=20程度、群内の不均一性(精神疾患で症状が個々で異なるなど)を考慮するとn=50程度が望ましいです。ただし、いずれの場合も年齢、性別、BMIなど予測できる限りの交絡因子を排除できるよう無作為割付する必要があります。

実験デザインについてはお悩みの場合はご相談ください。

サンプルの送り方は?

ご発注から2 営業日以内にサンプル送付専用の通い箱およびサンプル調製方法のご案内をお送りいたします。 このご案内に従ってサンプリングしていただき、宅配便のクール便(冷凍タイプ)にて検体をご送付いただきます。

[参考]
受託解析サービスの流れ

サンプルの安着はどのように確認しているのですか?

samlecheckpoint 300x172 <!  :ja  >サンプルの安着はどのように確認しているのですか?<!  :  >サンプルが到着すると、(冷蔵便でなく)冷凍便であることと、ドライアイスの残量により、輸送中ずっと冷却されていたことを確認します。このほか、倒立状態で輸送されていなかったかどうか、液量が正しいか、液漏れがないか、破損がないかなどを確認し、お客様に安着のご連絡をいたしております。

この時点で問題があった場合は、よりよい結果を得ていただくため、再度サンプルの送付をお願いしております。

詳しいご注意点は、ご発注後に「試料を安全にお届けいただくために」という資料をお送りしてお伝えしておりますのでご参照ください。

分析について

HMTのライブラリにない代謝物質を分析することはできますか?

お客様が標品をお持ちの場合は対応可能です。標品の純度は80%以上が望ましく、ほとんどの場合数十mgあれば十分です。

詳しくはお問い合わせください。

アノテーションがつかなかったピークを同定することはできますか?

検出された時間、分子量などから推定することは可能です。またオプションでMS/MS分析サービスも行っておりますので、さらに詳細な情報を得ることも可能です。

3つ程度に絞り込めることも多々ございますが、一方で有用な情報となるほど絞り込めないこともあります。分子量が大きいほど組み合わせが増えるため推定が難しくなります。

通常は分子量が300を越える場合は推定が困難ですが、(結果的に)ペプチドであること、MS/MSフラグメントがきれいに取れること、CEでの移動度が近い物質が既知物質であることなどの条件がそろっている場合に同定された例はあります。

アノテーションがつかなかったピークは、生化学的な研究を目的とした場合にはあまり有用な情報とはならない可能性があります。推定に成功した場合でも代謝経路や酵素との関連が分からないことが多く、その後の研究につなげられないためです。

情報が有効活用できる主な分野は、診断、薬物動態での事象切り分けを目的としたバイオマーカー探索が挙げられます。

目的に応じて解析プランを使い分けていただけたらと思います。ご相談いただければ最適な解析プランをご提案いたします。

統計解析について

報告書に記載されているt 検定の手法は何を使っていますか?

報告書に記載しているt検定には、比較対象となる2群の分散が異なる場合の手法であるWelchのt検定を採用しています。

一般的によく用いられるStudentのt検定は、比較対象となる2群の分散(ばらつき)が等しいことを仮定した手法ですので採用しておりません。各群の分散が等しいかをあらかじめ確かめる必要があり、2群の分散が等しい場合はWelchのt検定とStudentのt検定の結果にはほとんど差がないからです。

ただし、検体間に対応がある場合には(同一個体における投薬前後、摂食前後など)、対応のある(Paired)t検定を採用しています。

代謝物質間のRelative Areaが比較ができないのに、統計解析では比較できるのはなぜですか?

報告書に記載の数値(Relative Area)は、代謝物質間では尺度が異なります。そのためRelative Areaをそのまま代謝物質間で比較をすることはできませんし、多変量解析に用いることもできません。そのような代謝物質間のスケール差が間違った解釈を促すことにもなります。

そこで、当社では全代謝物質の数値を標準化 (μ=0, σ=1)し、データのスケールを合わせる前処理を行っております。

納期について

納期はどれくらいかかりますか?

C-SCOPEの標準納期は試料到着後20~90日、その他のプランの標準納期は20~60日です。

詳しい納期については試料到着後にメールでご案内しています。

報告書・納品物について

報告書はどのような形式ですか?

報告書の作成が終わり次第、すぐにお客様に報告書の電子ファイル(PDF・エクセル形式)をメールで送付いたします。また、報告書、および報告書(PDF)・各検体の分析データ(エクセル)の電子ファイルをDVDに収め、宅配便でも送付いたします。
※エレクトロフェログラムなどのローデータはご報告いたしません。ご了承ください。

宅配便での送付物は以下の通りです。
・CD-R
 ・メタボローム解析試験報告書.pdf
 ・メタボローム解析試験測定データ.xls
 ・Figure
 ・Graphs
・メタボローム解析試験報告書 (書類)
・メタボローム解析試験データ、統計解析データ 解説書 (書類)

報告される数値は何を意味しているのですか?

分析機器(MS)から出力されたピーク面積値をもとに、分析感度や試料量のずれを補正した値であるRelative Area(相対面積値)をご報告しています。

データの標準化は行っておりませんので、Relative Areaの値は平均値の計算やt検定にそのまま用いることが可能です。

※標準化されたデータに関しては、HeatMap解析やクラスタリング解析をご注文いただいた場合、エクセル中に併記しております。

料金・お支払いについて

解析料金はどのように支払うのですか?

基本的に検収後30日以内に銀行振込でのお支払いをお願いしております。ご希望のお支払条件がございましたら、担当者にご相談ください。

その他

メタボロミクスについてまとめた資料はありますか?

はい。HMTではCE-MSメタボロミクスについてまとめた技術資料(The Proceedings Metabolomics)を配布しています。自由にダウンロードしていただけますので、ぜひ一度お目通しください。ダウンロードはこちらから。

研究結果を論文にしたいのですが、マテリアルアンドメソッドは教えてもらえますか?

はい。ご用意しておりますので、担当者にお問い合わせください。

分析結果に関する知的財産権は誰のものになりますか?

メタボローム解析から得られる分析結果についての知的財産権はお客様に帰属します。

過去の試験データと併せてNを増やすことはできますか?

大変申し訳ございませんが、分析装置(MS)の性質上、原則として過去の試験データを統合して解析していただくことはできません。Relative Areaの数値は各試験で独立したものとお考えください。

定量値は各試験間で統合・比較していただくことが可能です。

※過去の試験の分析用試料が保存されている場合は、試料を再測定することで統合できる可能性があります。ご希望の際は当社までご連絡ください。

その他ご不明な点がありましたら、お気軽に下記のコンタクトフォームよりお問い合わせください。

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