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sp content nav HMTの発表論文・総説
C-SCOPE
シー・スコープ
シー・スコープはCE-QqQMSでしか検出できない中心代謝(エネルギー、アミノ酸、核酸代謝)の代謝変動を高感度・高精度に測定するメタボローム解析サービスです。
シー・スコープでは代謝物質の絶対濃度が得られるので、代謝物質同士のプールサイズを比較し、核酸のエネルギーチャージや機能別アミノ酸プール量などの代謝パラメーターを算出することが可能です。
主な用途 エネルギー代謝が注目されるメカニズム解析
長期にわたって安定的な分析が求められる研究
解析対象 中心エネルギー代謝に含まれる116物質
解糖系/糖新生、TCAサイクル、ペントースリン酸経路、脂質代謝、アミノ酸代謝、核酸代謝など
検出物質数*1 血液、培地:50 ~ 80
動植物組織 :90 ~
培養細胞: 90 ~
対象試料 動物組織(肝臓、筋肉、脳)、培養細胞、動物血液、培地、培養微生物細胞(酵母、大腸菌)
報告値 試料中濃度
30項目の代謝パラメーター
報告書 分析対象の116代謝物質について試料中濃度、30項目の代謝パラメーター、統計解析(PCA・ヒートマップ)結果およびパスウェイマッピングを報告
統計解析・
パスウェイ解析*2
無料
納品までの目安期間 20~60日
オプションをご覧になりたい方はこちら
*1 解析試料種や条件によって結果は異なります。
*2 追加解析は有料となります。
代謝パラメーターとはどんなものですか?
ご報告する代謝パラメーターは、細胞内エネルギー状態の指標となるアデニル酸エネルギーチャージや、肝臓機能の指標となるフィッシャー比、ミトコンドリア機能の指標となるLP比、各種アミノ酸総量などで、これらのパラメーターは生体機能や代謝状態を反映しています。代謝物質の絶対量(濃度)が得られて初めて算出することができるものです。
濃度が分かるとどんなメリットがあります か?
濃度が分かることにより
・異なる物質間での比較
・異なる物質同士の加減
・異なるバッチで分析した試験データの比較
が可能になります。これにより、代謝パラメーターを算出したり、過去の試験 データと統合をすることができます。
CE-QqQMSはCE-TOFMSに比べて感度はどのくら い違うのですか?
ターゲットを絞って分析することにより、物質によりますが10倍から1000倍感度 が上がります。
PATHWAY NAME ABBR HMDB ID
Amino acid 2-Oxoisovaleric acid HMDB00019
Amino acid Alanine Ala HMDB00161.HMDB01310
Amino acid Arginine Arg HMDB00517.HMDB03416
Amino acid Asparagine Asn HMDB00168
Amino acid Asparaginic acid Asp HMDB00191.HMDB06483
Amino acid Carnosine Carnosine HMDB00033
Amino acid Cystathionine HMDB00099
Amino acid Cysteine Cys HMDB00574.HMDB03417
Amino acid Glutamic acid Glu HMDB00148.HMDB03339
Amino acid Glutamine Gln HMDB00641.HMDB03423
Amino acid Glycine Gly HMDB00123
Amino acid Histidine His HMDB00177
Amino acid Homocysteine HMDB00742
Amino acid Homoserine HMDB00719
Amino acid Hydroxyproline HMDB06055.HMDB00725
Amino acid Isoleucine Ile HMDB00172
Amino acid Leucine Leu HMDB00687
Amino acid Lysine Lys HMDB00182.HMDB03405
Amino acid Methionine Met HMDB00696
Amino acid N-Acetylglutamic acid HMDB01138
Amino acid Phenylalanine Phe HMDB00159
Amino acid Proline Pro HMDB00162.HMDB03411
Amino acid S-Adenosylhomocysteine SAH
Amino acid S-Adenosylmethionine SAM HMDB01185
Amino acid Serine Ser HMDB00187.HMDB03406
Amino acid Threonine Thr HMDB00167
Amino acid Tryptophan Trp HMDB00929
Amino acid Tyrosine Tyr HMDB00158
Amino acid Valine Val HMDB00883
Amino acid γ-Aminobutyric acid GABA HMDB00112
Choline Betaine HMDB00043
Choline Betaine aldehyde HMDB01252
Choline Choline HMDB00097
Choline N,N-Dimethylglycine DMG HMDB00092
Choline Sarcosine HMDB00271
Coenzyme Coenzyme A CoA HMDB01423
Coenzyme Nicotineamide adenine dinucleotide
(oxidized form)
NAD+ HMDB00902
Coenzyme Nicotineamide adenine dinucleotide
(reduced form)
NADH
Coenzyme Nicotineamide adenine dinucleotide phosphate
(oxidized form)
NADP+ HMDB00217
Coenzyme Nicotineamide adenine dinucleotide phosphate
(reduced form)
NADPH
Coenzyme β-Alanine β-Ala HMDB00056
Energy Adenosine 5-diphosphate ADP HMDB01341
Energy Adenosine 5-monophosphate AMP HMDB00045
Energy Adenosine 5-triphosphate ATP HMDB00538
Energy Guanosine 5-diphosphate GDP HMDB01201
Energy Guanosine 5-monophosphate GMP HMDB01397
Energy Guanosine 5-triphosphate GTP HMDB01273
Fatty acid Acetoacetyl coenzyme A Acetoacetyl-CoA HMDB01484
Fatty acid Carnitine
Fatty acid Malonyl coenzyme A Malonyl-CoA HMDB01175
Folate Folic acid HMDB00121
Glutathione Glutathione (oxidized form) GSSG HMDB03337
Glutathione Glutathione (reduced form) GSH HMDB00125
Glycogen Fructose 1-phosphate F1P HMDB01076
Glycogen Galactose 1-phoshate Gal1P HMDB00645
Glycogen UDP-glucose HMDB00286
Glycolysis 2,3-Diphosphoglyceric acid HMDB01294
Glycolysis 2-Phosphoglyceric acid 2PG HMDB03391
Glycolysis 3-Phosphoglyceric acid 3PG HMDB00807
Glycolysis Acetyl coenzyme A Acetyl-CoA HMDB01206
Glycolysis Dihydroxyacetone phosphate DHAP HMDB01473
Glycolysis Fructose 1,6-diphosphate F1,6BP HMDB01058
Glycolysis Fructose 6-phosphate F6P HMDB00124
Glycolysis Glucose 1-phosphate G1P HMDB01586
Glycolysis Glucose 6-phosphate G6P HMDB01401
Glycolysis Glyceraldehyde 3-phosphate G3P HMDB01112
Glycolysis Glycerol 3-phosphate Gly3P HMDB00126
Glycolysis Lactic acid HMDB00190.HMDB01311
Glycolysis Phosphoenolpyruvic acid PEP HMDB00263
Glycolysis Pyruvic acid HMDB00243
Glyoxylate cycle Glycolic acid HMDB00115
Glyoxylate cycle Glyoxylic acid HMDB00119
Pentose-P 6-Phosphogluconic acid 6PG HMDB01316
Pentose-P Erythrose 4-phosphate E4P HMDB01321
Pentose-P Phosphoribosyl pyrophospate PRPP HMDB00280
Pentose-P Ribose 1-phosphate HMDB01489
Pentose-P Ribose 5-phosphate R5P HMDB01548
Pentose-P Ribulose 5-phosphate Ru5P HMDB00618
Pentose-P Sedoheptulose 7-phosphate S7P HMDB01068
Pentose-P Xylulose 5-phosphate HMDB00868
Polyamine Purtrescine HMDB01414
Polyamine Spermidine HMDB01257
Polyamine Spermine HMDB01256
Purine Adenine HMDB00034
Purine Adenosine HMDB00050
Purine Adenylosuccinic acid HMDB00536
Purine ADP-ribose HMDB01178
Purine Hypoxanthine HMDB00157
Purine Inosine HMDB00195
Purine Inosine 5-monophosphate IMP HMDB00175
Purine Uric acid HMDB00289
Purine Xanthine HMDB00292
Purine Xanthosine 5-monophosphate XMP HMDB01554
Pyrimidine Carbamoyl aspartic acid HMDB00828
Pyrimidine Guanine HMDB00132
Pyrimidine Guanosine HMDB00133
Signal Cyclic adenosine 5-monophosphate cAMP HMDB00905
Signal Cyclic guanosine 5-monophosphate cGMP HMDB01314
Steroid Hydroxymethylglutaroyl coenzyme A HMG-CoA HMDB01375
Steroid Mevalonic acid HMDB00227
TCA cycle 2-Hydroxyglutaric acid
TCA cycle 2-Oxoglutaric acid αKG HMDB00208
TCA cycle cis-Aconitic acid HMDB00072
TCA cycle Citric acid HMDB00094
TCA cycle Fumaric acid HMDB00134
TCA cycle Isocitric acid HMDB00193
TCA cycle Malic acid HMDB00156.HMDB00744
TCA cycle Succinic acid HMDB00254
Urea Argininosuccinic acid HMDB00052
Urea Carbamoyl phosphate
Urea Citrulline HMDB00904
Urea Creatine HMDB00064
Urea Creatinine HMDB00562
Urea Ornithine HMDB00214.HMDB03374
Urea Phosphocreatine HMDB01511
Urea Urea HMDB00214.HMDB03375
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C-SCOPE を利用してこんな論文が発表されています
S100B impairs glycolysis via enhanced poly(ADP-ribosyl)ation of glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase in rodent muscle cells.
Hosokawa K, Hamada Y, Fujiya A, Murase M, Maekawa R, Niwa Y, Izumoto T, Seino Y, Tsunekawa S, Arima H Am. J. Physiol. Endocrinol. Metab., : , 2017

齧歯類筋細胞においてS100Bはグリセルアルデヒド-3-リン酸のポリADPリボース化亢進を介して解糖系を障害する。

S100Bグリセルアルデヒド-3-リン酸デヒドロゲナーゼグルコースシー・スコープポリADPリボース化ラット培養細胞筋芽細胞
Arginine Deprivation Inhibits the Warburg Effect and Upregulates Glutamine Anaplerosis and Serine Biosynthesis in ASS1-Deficient Cancers.
Kremer JC, Prudner BC, Lange SE, Bean GR, Schultze MB, Brashears CB, Radyk MD, Redlich N, Tzeng SC, Kami K, Shelton L, Li A, Morgan Z, Bomalaski JS, Tsukamoto T, McConathy J, Michel LS, Held JM, Cell reports, : , 2017

ASS1欠損がん細胞においてアルギニン欠乏はワーバーグ効果を抑制してグルタミン補充反応とセリン生合成を亢進する。

ADI-PEG20argininosuccinate synthetase 1 (ASS1)アルギニン枯渇エフ・スコープグルタミン補充シー・スコープセリン生合成ヒトワーバーグ効果作用機序培養細胞抗がん剤
Metabolic analysis of radioresistant medulloblastoma stem-like clones and potential therapeutic targets.
Sun L, Moritake T, Ito K, Matsumoto Y, Yasui H, Nakagawa H, Hirayama A, Inanami O, Tsuboi K PLoS One, : , 2017

放射線抵抗性髄芽腫幹細胞様クローンのメタボローム解析と可能性のある治療標的。

シー・スコープジクロロ酢酸 (DCA)ヒトミトコンドリア培養細胞放射線抵抗性髄芽腫
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