メタブローグ
HMT
第8回HMTこども科学実験教室「クリーン・ウォーター」を開催しました！
HMT技術開発本部の塙香織です。夏本番を迎え、暑さが厳しい毎日ですね。
体調管理には十分気をつけましょう！
さて、夏のイベントと言ったらHMTこども科学実験教室。今年はなんと！第8回を迎えました。
今年は8月6日（土）に開催され、暑い中、37名のお子さんが元気いっぱい参加してくださいました。参加してくださった中にはリピーターも多く、応募開始から定員30名を大幅に超え、満員御礼！スタッフ一同より心から感謝申し上げます。ありがとうございます。
今年のテーマは、クリーン・ウォーターと題し、『よごれた水をきれいにするしくみを学んでみよう』。テーマを選択したスタッフの思いは、いろいろな材料を使って、よごれた水をきれいにして、水道からあたりまえに出てくる水のありがたさや大切さを楽しく学んでもらいたいという思いが込められています。
まず教室は、HMTスタッフの大きいお兄さん、お姉さんの自己紹介からスタート。
白衣を身に纏ったお兄さん、お姉さんは、やさしい眼差しと笑顔で自己紹介していました。
続いて、お兄さん、お姉さんを見習って、参加してくださったみんなも大きな声で元気に挨拶してくれました。最初は、初対面同士で緊張と恥ずかしさを隠せない様子でしたが、みんな上手に自己紹介できていました。
実験は、よごれた水（泥水）の観察からスタート。よごれた水にはどんなのがあるだろう？という先生からの質問には、元気に手を挙げて答えてくれました。
日本のように、きれいな（飲める）水が水道から出てくるところは世界中であまりないことに驚きの一面もありました。では、よごれた水（泥水）をきれいな水にするにはどうするか？とちょっと難しいろ過についての話にみんな熱心に耳を傾けていました。ちょっと難しかったかな？
ろ過について学んだ後、数ある材料の中から4つの材料を一人ひとり選んでもらって、
『自分モデルのろ過装置』作り開始。みんな思い思いに材料選択し、泥水をきれいな水にしてくれました。
多少、濁りのあった子の中には、数回ろ過すれば、きれいになるのでは？と疑問をもって複数回実験していた子もいました。子供の柔軟な発想とひらめきにスタッフも驚きや発見があったのではないでしょうか？
実験後のアンケートでは、「水を透明なきれいな水にすることは難しい」「材料の中にもろ過しやすいものとしにくいものがある」「はじめは泥水をきれいな水にできるとは思っていなかったけれど、やってみたらできた」などの意見をいただきました。
保護者の方からも、「子供たちが目をキラキラさせていきいきと実験を進める様子が微笑ましかった」、「親子で楽しめるすばらしい企画」、「親も勉強になりました」、「来年もまた参加したい」等のご意見をいただきました。
日本では、東日本大震災、熊本地震等の災害がありました。スタッフの中には、実際に経験された方もいます。災害時、一時水の供給は止まり、水がある生活ができることは幸せなことだと実感したそうです。当たり前のように水道から飲める水が出てくることって本当に幸せなことだと思います。水のありがたみを改めて感じた一日になったのではないでしょうか？
実験教室を終えて、たくさんの方にご尽力・ご協力をいただきました。
ご協力いただいたみなさんに心から感謝申し上げます。ありがとうございました。
ぜひ来年もお会いしましょう。
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第9回多変量解析を用いたメタボロームデータ解析 – MSEAを用いた有意な代謝経路の抽出
研究開発本部の山本です。
前回までは、主成分分析を用いてメタボロームデータを可視化し、因子負荷量を用いて主成分スコアと関連する代謝物質を選択する方法について説明してきました。今回は、選択した代謝物質と代謝パスウェイとの関連付けを行うための方法である、Metabolite Set Enrichment Analysis(MSEA)をご紹介します。…
第8回多変量解析を用いたメタボロームデータ解析 – 主成分分析の因子負荷量の仮説検定を用いた代謝物質の選択（後編）
研究開発本部の山本です。
前回は、Excelを用いて主成分分析の因子負荷量の仮説検定を行う方法についてご説明しました。では、実際の研究ではどのような流れになるのか少し具体的に考えてみましょう。…
2015年度先導助成授与式を執り行いました
こんにちは、HMTの井元淳です。東京は小雨ですが、北陸、北日本は大荒れの予想になっていますね。
先週の11月25日、鶴岡で2015年度の先導研究助成の授与式を執り行いました。
2015年度の採択課題については「2015年度HMTメタボロミクス先導研究助成 採択研究課題を発表しました」をご覧ください。
授与式では採択者のみなさんに一言ずつコメントをいただきました。…
第7回多変量解析を用いたメタボロームデータ解析 – 主成分分析の因子負荷量の仮説検定を用いた代謝物質の選択（前編）
研究開発本部の山本です。
前回までは、主成分分析の因子負荷量が、主成分スコアと各代謝物質レベルとの(ピアソンの)相関係数で定義されること、またソフトウェアによって因子負荷量の定義が異なるので、使用される際にはお使いのソフトウェアをご確認していただく必要があることをご説明しました。
今回は、因子負荷量の仮説検定を用いて、代謝物質を選択する方法についてご紹介します。…
第7回HMTこども科学実験教室「どろぼうをつかまえろ！」を開催しました！
解析事業部の丸山です。去る8月1日、待ちに待った「第7回HMTこども科学実験教室」が開催されました！
今回の実験教室は、泥棒から送られてきた脅迫状のインクを分析して、HMTから盗まれてしまった大切な書類を取り戻すことがミッションです！
まずは自己紹介から。最初は緊張した面持ちのみんなでしたが、HMTの先生をお手本に、しっかり挨拶してくれました。…
第6回多変量解析を用いたメタボロームデータ解析 - 主成分分析の「ローディング」とは？（後篇）
研究開発本部の山本です。前篇では、実は「ローディング」と言われているものの定義が場合によって異なり、因子負荷量をデータの解釈に使用する場合は相関係数として取り扱うと解釈しやすいというお話をしました。
今回は実際に、MetaboAnalystの因子負荷量の結果と、相関係数で定義される因子負荷量の結果を比較してみましょう。…
今年も夏休みこども科学実験教室を開催します！
解析事業部の丸山です。全国各地で梅雨入りが宣言されていますが、山形ではまだまだ春の陽気が続いています。みなさんのお住まいの地域ではいかがでしょうか？
さて、今年の夏もHMTでは「夏休みこども科学実験教室」を開催することとなりました！今回は「泥棒を捕まえろ！」という企画で、脅迫状を書いた犯人を捜し出すという内容です。第1回と同じなのですが、私自身は初めてのテーマです。なんだか科学捜査班になったようでワクワクしてしまいますね！…
第5回多変量解析を用いたメタボロームデータ解析 - 主成分分析の「ローディング」とは？（前篇）
研究開発本部の山本です。前回は主成分スコアプロットとローディングプロットをどのように利用するか、その見方についてご紹介しました。
今回は、前回説明したローディングについて、生物学的解釈につなげていくために「ローディングの中身」についてご説明したいと思います。
ローディングと一口に言っても、英語ではloading、PCA loading、factor loading、weight vector、eigenvector、日本語では因子負荷量、主成分負荷量、など実は様々あるのですが、混同されていることが多いです。今回は、「因子負荷量（factor loading）」と言われているものについて考えていきましょう。…
【研究者インタビュー】NASA エイムズ研究所 イヴァン・パウリーノ-リマ研究員(後篇)
NASA エイムズ研究所イヴァン・パウリーノ-リマ先生へのインタビュー後篇です(前篇)。後篇では今後の研究やモチベーションについてお伺いしました。
※点線がついている単語にカーソルを当てると簡単な日本語訳が見られます
― What do you expect for the future of metabolomics for your study?
We hope to detect anything that can play a role in radiation resistance and then depending on what we find we can …