メタブローグ
医薬学
バイオマーカー探索 その8 – 大規模データの多変量解析に向けた絶対定量の必要性
研究開発本部の藤森です。約1年間バイオマーカー探索についてのコラムを書いて来ましたが、今回で最終回です。
疾患バイオマーカーの探索を目的として研究を行う場合、メタボローム解析から得られるデータは通常相対定量値です。しかし臨床の現場では「物質Aの血中濃度がXμM以上(以下)であればその疾患に罹患している（していない）」と判断されるので、この時点では絶対定量値が算出できる必要があります。…
バイオマーカー探索 その7 – 網羅解析で顕在化するリスク
研究開発本部の藤森です。今回は、疾患バイオマーカー探索におけるメタボロミクスデータのリスクについてお話したいと思います。
健常者群とある疾患の患者群において、疾患バイオマーカーとなる代謝物質を液体クロマトグラフィー-飛行時間型質量分析計(LC-TOFMS)あるいはキャピラリー電気泳動-飛行時間型質量分析計(CE-TOFMS)によるメタボロミクスを用いて探索した場合、メタボロミクスデータとして、ピークの保持/移動時間、質量電荷比および面積を得ることができます。
健常者群と患者群で面積が大きく異なるピークが見つかったら、そのピークの保持/移動時間と質量電荷比の情報に基づいてそれがどの代謝物質に相当するかを決定し、それがバイオマーカー候補となります。
このとき注意しなくてはならないのが、ピークが一つであったとしても、保持/移動時間も質量電荷比も同じの2つ（以上）の代謝物質に由来している可能性があることです。
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【研究者インタビュー】鳥取大学医学部 三浦典正准教授 (後篇)
鳥取大学医学部 三浦典正先生へのインタビュー、後篇です。前篇はこちら。
―先生のご研究へのモチベーションとなっているものは何ですか？
医師になろうと思ったきっかけは、ちょうど大学に入る前に「死よ驕るなかれ
」という本を読んだことです。未分化型脳腫瘍のお子さんの闘病記なんですけど、書いておられるのは父親で、アメリカ人のジャーナリストの方です。お子さんの闘いぶりを読んで、癌がこの上なく憎たらしくなりまして、医学部に進みました。…
【研究者インタビュー】鳥取大学医学部 三浦典正准教授 (前篇)
今回は、鳥取大学医学部病態解析医学講座でがん研究をしておられる三浦典正先生にお話を伺いました。前篇・後篇に分けてお届けします。
三浦先生が2014年1月に発表された、癌を非癌状態に変化させるマイクロRNAについての発表（Scientific Reports）は様々なメディアで取り上げられていたのでご存知の方も多いかと思います。2011年にHMTメタボロミクス研究助成を受賞された篠田和香さんも三浦先生の研究室で研究されていました。
―まず初めに、先生のご研究について簡単に説明していただけますか？…
バイオマーカー探索 その6 – 代謝物質の安定性
研究開発本部の藤森です。今回は疾患バイオマーカー探索における代謝物質の安定性の問題に関してお話ししようと思います。
ゲノムは基本的に安定なので、塩基配列の差異をバイオマーカーとして評価する場合、異なる時期に採取した血液検体のゲノムシークエンシングの結果を比較するのは比較的容易であると考えられています。
凍結保管血液中のゲノムは安定かつ定量性が問われないため、異なる時期に行ったゲノムシークエンシングの結果は比較可能です。それぞれ血液検体を採取した時にゲノムシークエンシングを行いその結果を比較しても、採取した血液検体を保管しまとめてゲノムシークエンシングを行いその結果を比較しても、結果に違いはないと考えられています。
一方、代謝物質の定量性をバイオマーカーとして評価する場合、凍結保管血液中の代謝物質は安定でなかったり、異なる時期に行ったメタボローム解析データの相対定量値を比較できないといった、解決しなければならない課題が生じます。…
バイオマーカー探索 その5 – 試料の選択
研究開発本部の藤森です。今回は疾患バイオマーカー探索の試料の選択についてお話ししたいと思います。何を試料として選択するかは、マーカーの発見だけでなく、その後の診断キットの開発の成否にも大きな影響を及ぼします。
メタボロミクスによる疾患マーカー探索の論文を見てみると、試料として、血液（血漿、血清、全血）、尿（早朝尿、随時尿、蓄尿）、脳脊髄液、唾液、汗等が選択されています。…
【研究者インタビュー】徳島大学大学院ソシオテクノサイエンス研究部 大政健史教授 (後篇)
徳島大学大学院ソシオテクノサイエンス研究部大政健史先生へのインタビュー、後篇です。前篇はこちら。
―今後どういった方向性で研究を進めて行かれる予定ですか？
ヘテロジェネイティ、不均一性を大きな主眼点として置いています。
微生物やヒトの初代細胞は細胞の性質が割ときちんとして一つであり、ゲノムも一つです。そもそも混ざりものじゃないんです。一方、CHO細胞のように細胞株を樹立している、つまり、無限に増えることが元来無いものが無限に増えるようになった細胞の場合は、染色体の数にも不均一性、つまり分布があります。たとえ分布のないものであっても培養をしている間に分布ができます。…
【研究者インタビュー】徳島大学大学院ソシオテクノサイエンス研究部 大政健史教授 (前篇)
今回は、徳島大学大学院ソシオテクノサイエンス研究部で細胞を使った抗体医薬の生産について研究なさっている大政健史先生にお話を伺いました。前篇・後篇に分けてお届けします。
大政先生は生物化学工学の分野で研究を続けてこられており、現在は経済産業省の「個別化医療に向けた次世代医薬品創出基盤技術開発（国際基準に適合した次世代抗体医薬等の製造技術）」のプロジェクトリーダーもしていらっしゃいます。
―初めに、先生のご研究について簡単に説明していただけるでしょうか
私の専門分野は生物化学工学で、生物を使って何かものつくりをするということに関わる様々な技術的な開発をしています。…
バイオマーカー探索 その4 – 検体の取り扱い
研究開発本部の藤森です。今回は、疾患のバイオーカーを探索する際の検体の取り扱いについて、考えてみたいと思います。
前回話題にした通り、バイオーカーの対象としては、遺伝子塩基配列、mRNA、タンパク質、代謝物質等があります。遺伝子塩基配列以外は、その特性上、様々な要因によって分解あるいは修飾を受け、異なる物質に変換されてしまうリスクがあります。そのため生体内の物質量を正確に検出するために、検体の取り扱いには特に注意を払う必要があります。
例えば血液を用いてバイオーカー探索をする場合の保管条件について、大きく分けて以下の2つのフェーズに分けられます。…
