メタブローグ
代謝制御
メタボロミクスにおける安定同位体の利用
研究開発本部の藤森です。今回から安定同位体を採り入れたメタボロミクスについてのお話です。
一般的なメタボローム解析では、細胞内のあるタイムポイントでの代謝プロファイルしか見られません。
例えば、植物の葉のメタボロミクスにおいて、植物をある条件に置いた時に、TCAサイクルでクエン酸、イソクエン酸のレベルは変動しないが、コハク酸、フマル酸、リンゴ酸のレベルは低下し、さらにグルタミンをはじめとする特定のアミノ酸のレベルが上昇したとします。…
うらやましい能力
こんにちは、B&Mの大賀です。今日は鶴岡、朝から雨が降っています。積もった雪が溶けるのは嬉しい限りですが、この季節の雨は冷たいの何の。思わず家に閉じこもって「冬ごもり」したくなります。
そういえば、冬眠に関して興味深い報告がありました。
クマの冬眠は超省エネ、代謝活動4分の1に 米大チーム（日本経済新聞）…
いまアツいメタボローム解析とは？ -代謝フラックス解析⑧
こんにちは、B&Mの大賀です。木枯らしが吹く季節になりましたね。こちら鶴岡もここ数日は風が強く、冬が目の前に迫ったことを思い出させてくれます。
さて、2ヶ月にわたって最近のフラクソミクス研究を取り上げてきたこのシリーズも今回がラスト。最後に注目したいのは、ごく最近に発表された酵母育種に関する報告です。この研究では、代謝フラックス解析にメタボロミクス、そしてトランスクリプトミクスのデータも加えたマルチオミクスの試みがなされています。…
なぜアメリカザリガニはアラニンを蓄積するのか？
こんにちは、バイオマーカー・分子診断事業部の藤森です。今日はD型アミノ酸の存在意義について、なぜアメリカザリガニはアラニンを蓄積するのか？という観点から考察してみたいと思います。
海水などの浸透圧が高い環境で生育するためには、細胞内で適合溶質を合成し蓄積させ、外界と同じレベルまで細胞内の浸透圧を上げなければなりません。適合溶質として、グリシンベタイン、プロリン、糖類などが知られています。これらの物質は、細胞内である程度のレベルまで蓄積しても、あまり害は無いと考えられています。…
いまアツいメタボローム解析とは？ -代謝フラックス解析⑦
こんにちは、B&Mの大賀です。このシリーズではフラクソミクスに関する近年の研究例を紹介しています。今回は測定データではなく、数学的モデルから代謝フラックスに迫る試みに注目したいと思います。…
いまアツいメタボローム解析とは？ -代謝フラックス解析⑥
こんにちは、B&Mの大賀です。前回は、メタボロミクスと共に安定同位体ラベルや数理モデルを駆使した近年の代謝フラックス解析を紹介しました。今回は代謝フラックス研究者が陥るであろうジレンマについてお話します。
代謝フラックスのデータを得る時、多くの研究者は『あるジレンマ』に突き当るのではないでしょうか？そのジレンマとは「多くの測定法が侵襲的であるため、データを得ると同時にその時点から先の代謝情報を失ってしまう」というものです。…
いまアツいメタボローム解析とは？ -代謝フラックス解析⑤
こんにちは、B&Mの大賀です。前回は培養細胞・微生物のフラックス研究を紹介してきましたが、今回は多細胞システムの研究成果を3報ご紹介します。
一報目は、HMT研究員藤森の十八番の植物メタボローム研究です。…
いまアツいメタボローム解析とは？ -代謝フラックス解析④
こんにちは、B&Mの大賀です。代謝フラックスにおけるメタボローム解析の活用について、今アツい論文をお届けしています。今回は、最近発表された研究成果の中から、とりわけ私をアツくしてくれた論文を4報ご紹介したいと思います。…
いまアツいメタボローム解析とは？ -代謝フラックス解析③
こんにちは、B&Mの大賀です。いまアツいメタボローム解析とは？第一弾、代謝フラックス解析のレビュー3報目のご紹介です。
3報目は、微生物の醗酵育種にフォーカスして、特に解析理論が詳しく説明されている最新のレビューです。…
いまアツいメタボローム解析とは？ -代謝フラックス解析②
こんにちは、B&Mの大賀です。前回から、いまアツいメタボローム解析とは？第一弾として、代謝フラクソミクス解析のレビューをご紹介しています。
2報目にご紹介するのは、2年前に紹介した論文のコレスポンディングオーサーであるUwe Sauer博士のグループから出たレビューです。…