メタブローグ
HMT
バイオマーカー探索 その2 – 疾患の定義
研究開発本部の藤森です。今回は、バイオマーカー探索の対象となる「疾患の定義」についてお話したいと思います。
色々な場面で「疾患」「健常群」などの言葉は当たり前のように使われていますが、実は非常に曖昧な言葉です。実際に疾患に罹患しているか、していないかを鑑別する診断マーカーを探索する上で、それらをどう定義するかは結果にも影響を与える重要かつ難解な問題であり、その疾患の専門医と深く議論すべきです。
「疾患の定義」とは言いかえると健常群、疾患群をどの範囲に定めるかであり、
- 対象となる疾患の定義
- 健常群における健常の定義
の二つの側面があります。
これだけでは分かりにくいと思いますので具体的に考えてみましょう。…
バイオマーカー探索 その1 – 対象となる疾患
研究開発本部の藤森です。今回は、バイオマーカー探索の対象となる疾患について考えてみたいと思います。
診断法の開発を目的とした疾患バイオマーカー探索を成功させる上で、3つの大きなポイントがあります。それは、…
「第1回がんと代謝研究会」参加レポート
研究開発本部の藤森です。2013年10月30日から11月1日まで山形県鶴岡市で行われている「第1回がんと代謝研究会」に参加してきました。
地方都市で交通の便がよいロケーションではなく、また「がんと代謝」という、限定されたテーマでであったにもかかわらず、約300名が参加し、熱い議論が交わされていました。がん領域の最先端の研究をされている著名な先生方も多数参加されており、がん領域の研究でもゲノムから再び代謝に焦点があてられ始めたことが、認識できました。
質量分析計等の技術的進歩により、比較的容易に、主要代謝経路のほとんどの代謝中間体を検出・定量すること（メタボローム解析）ができることにようになったこと、ゲノムに着目をしたがん領域の研究に限界が見え始めたことが、再び、がん領域の研究者が代謝に着目し始めたドライバーになったのではないでしょうか。
一部ではありますが、個人的に非常に印象的だった発表について紹介したいと思います。…
【研究者インタビュー】名古屋大学大学院医学系研究科 伊藤嘉規講師
名古屋大学大学院医学系研究科で小児医療について研究をなさっている伊藤嘉規先生にお話を伺いました。
伊藤先生は主に小児科学、ウイルス学の分野で研究を続けていらっしゃいます。2010年にHMTメタボロミクス研究助成を受賞された鳥居ゆか先生も伊藤先生の研究室で研究されています。
―初めに、研究課題について簡単に説明していただけますか？
我々の研究室では主に基礎研究、臨床研究の二つの柱に沿って研究を行っています。…
メタボロミクスにおける安定同位体の利用
研究開発本部の藤森です。今回から安定同位体を採り入れたメタボロミクスについてのお話です。
一般的なメタボローム解析では、細胞内のあるタイムポイントでの代謝プロファイルしか見られません。
例えば、植物の葉のメタボロミクスにおいて、植物をある条件に置いた時に、TCAサイクルでクエン酸、イソクエン酸のレベルは変動しないが、コハク酸、フマル酸、リンゴ酸のレベルは低下し、さらにグルタミンをはじめとする特定のアミノ酸のレベルが上昇したとします。…
メタボロミクスで新しい知見を導き出すためには？
研究開発本部の藤森です。前回「メタボロミクスを何が変えたか？」ではメタボロミクスの結果のみから可能性を考察するだけの段階から、さらに実験結果を加えて新しい知見を導き出す段階に進む契機となった論文について触れましたが、今回はメタボロミクスで得られた結果に対して可能性の提唱等の考察をするだけでなく、新しい知見を結論づけるために具体的にどうすればよいのかについてお話しできればと思います。よろしくお願いいたします。
「メタボロミクスの結果で、表現型とある代謝物質レベルの挙動がリンクしている可能性が非常に高いことが分かった」という研究を想定してみましょう。その後、何をすればそこから新しい生物学的知見が得られるのでしょうか？…
メタボロミクスを何が変えたか？
研究開発本部の藤森です。「メタボロミクスは何が変わったか？」に続いて、今回はメタボロミクスの進化の契機となった論文についてご紹介します。
前回のブログでは、メタボロミクスは「ただ測って可能性を示唆するだけ」の段階から「新しい生物学的知見を明らかにする段階」まで、学問として進化してきたことに触れました。それでは、その契機となったものは何だったのでしょうか？…
BIO2013に参加して
社長の菅野です。バイオ業界のトレンドを把握するために、昨年ボストンで開催されたBIO2012に引き続き、シカゴで開催されたBIO2013に参加してきました。
会場が広いためか、展示会場やパピリオンは人が少なく少し活気に乏しかったという印象がありましたが、ビジネスフォーラム会場は活気があり、バイオというテーマでこれだけの人が集まってビジネスできていることに感激しました。
BIOはパートナリングが主目的のイベントなのでミーティングブースが約500も用意されているのですが、ほとんど埋まっているのはすごいです。主催者は「25,000ミーティング」と謳っています。このほかにも、各社・各地域のパピリオンにもミーティングブースがありますから、ミーティングの数は相当数に達していたでしょう。
いろいろなキーワードから読み取ると今年の主テーマは以下の3つだったのではないでしょうか。…
メタボロミクスは何が変わったか？
研究開発本部の藤森です。今年度、メタボロミクスのブログを執筆していきますので、よろしくお願いいたします。
メタボロミクスが行われるようになってから、約10年間が経過しました。その間にメタボロミクスは著しい進化を遂げました。それは初期の頃のメタボロミクスの論文と最近の論文を読み比べていただければ、一目瞭然だと思います。今回のブログでは初期の頃と最近のメタボロミクスの比較をご説明します。
従来の研究は、生物のある一つの現象に着目し、これまでの知見を基に仮説を提唱し、それを実験によって証明するという方法がとられてきました。
一方オミクス研究は、仮説を立てずにデータを収集し、得られたデータから新たな知見を抽出するという方法がとられてきました。つまり、仮説の立てにくい研究ではオミクス研究に大きな優位性がありました。…