メタブローグ
オミクス
【研究者インタビュー】東京大学総括プロジェクト機構 総括寄付講座「食と生命」加藤久典特任教授
今回は、東京大学総括プロジェクト機構 総括寄付講座「食と生命」で栄養と体の関係について研究をしておられる加藤久典先生にお話を伺いました。加藤先生の研究室には、2011年にHMTメタボロミクス研究助成を受賞された高橋祥子さん（コーヒー摂取による抗肥満・抗糖尿病効果の作用機序に関するメタボロミクスを用いた系統的検討）も所属していらっしゃいます。
―まず初めに、先生のご研究について簡単に説明していただけますか？…
メタボロミクスは何が変わったか？
研究開発本部の藤森です。今年度、メタボロミクスのブログを執筆していきますので、よろしくお願いいたします。
メタボロミクスが行われるようになってから、約10年間が経過しました。その間にメタボロミクスは著しい進化を遂げました。それは初期の頃のメタボロミクスの論文と最近の論文を読み比べていただければ、一目瞭然だと思います。今回のブログでは初期の頃と最近のメタボロミクスの比較をご説明します。
従来の研究は、生物のある一つの現象に着目し、これまでの知見を基に仮説を提唱し、それを実験によって証明するという方法がとられてきました。
一方オミクス研究は、仮説を立てずにデータを収集し、得られたデータから新たな知見を抽出するという方法がとられてきました。つまり、仮説の立てにくい研究ではオミクス研究に大きな優位性がありました。…
いまアツいメタボローム解析とは？ -代謝フラックス解析⑤
こんにちは、B&Mの大賀です。前回は培養細胞・微生物のフラックス研究を紹介してきましたが、今回は多細胞システムの研究成果を3報ご紹介します。
一報目は、HMT研究員藤森の十八番の植物メタボローム研究です。…
青いバラの代謝工学
こんにちは、バイオメディカルグループの大賀です。
近頃、鶴岡の天気はかなり不安定です。雨の日が多く、ようやく晴れたと思いきや突然のゲリラ豪雨にがっかりさせられることも。天気に気分が左右される単純な者としては、からっと晴れてくれるとテンションも一気に上がります。本格的に雪が降りだす前に、一日でも多く、青空が見られるといいのですが…
さて、青くてテンションが上がる話題は天気だけではありません。こちらのニュース（サントリー社ウェブサイト”世界初！バイオテクノロジーで「青いバラ」の開発に成功！”）にも、私、かなり興奮しております。…
シロイヌナズナと統合オミクス
今年入社した分析グループの藤森玉輝です。
博士研究員の時は、DNAマイクロアレイやアジレント社のCE-MSを使って植物の一次代謝の研究をしていました。植物のメタボロミクスの研究成果は、生産性の高い農作物の作製、薬学的に有用な物質の生産、環境浄化など非常に重要かつ多様な分野に生かすことができる可能性を秘めており、大変興味深いです。
これからは植物の代謝物に関する様々な研究を紹介していく予定にしていますのでよろしくお願いします。
生命現象を理解するためにはメタボロミクスが重要であることは当然ですが、さらにトランスクリプトミクスと組み合わせることで、理解をより深めることができます。
しかしながら、統合オミクスの力を最大限に発揮した研究例はまだ少なく、現状ではトランスクリプトミクスとメタボロミクスをして考察する論文が標準的です。これは、統合オミクスを駆使してエレガントな研究を行う方法がまだ確立されていないからです。
統合オミクスの研究方法については今後も考え続けていかなければいけませんが、まず統合オミクスとして成功した論文を読んで学ぶのが誰にでもできる一番簡単な道です。そこで、今回は4年前の論文になりますが、理化学研究所植物センターのグループがモデル植物であるシロイヌナズナで統合オミクスをエレガントに使った研究を紹介したいと思います。…
[第2回メタボロミクスと統計解析] メタボロームデータと多変量解析
バイオメディカルグループ（統計解析）の山本博之です。
細胞内での現象はほとんどの場合、1つの代謝物質によって説明されることはなく、複数の代謝物質とそのネットワークによって説明されます。よって、複数の変数(代謝物質)を使ってデータを表現する多変量解析がその道具として用いられるのは、比較的自然なことだと思います。メタボローム解析では特に主成分分析が用いられる事が多く、論文等でその計算結果を目にされたことのある方も多いと思います。
オミクスデータのような高次元データは視覚的に人が理解できないので、何らかの形で視覚化することが有効です。主成分分析は高次元データを1次元に射影し、その上での分散が最大になるような射影方向をいくつか求め、それらの軸を用いて視覚化します。1次元上での分散が大きな主成分軸は、一般的にデータを良く表現する軸であるとしばしば説明されます。しかしこれは少し説明不足です。…
[プロローグ：マルチオミクス] なぜ”ほかのオミクス”が必要か？
バイオメディカルグループの篠田です。
学会やセミナーにいくと、HMTのブログ見てます！という声をちらほらと聞いて、うれしく思っています。もっと読者が増えるように、皆さんのお役にたつ技術情報を書いていきます。まずは、隔月の6回シリーズで「ほかのオミクス」について書いていきます。
今回はプロローグとして、「なぜ”ほかのオミクス”が必要か？」がテーマです。…
[第1回メタボロミクスと統計解析] オミクスデータの判別
バイオメディカルグループ（統計解析）の山本博之です。
HMTに来て2年目ですが、学生の時からメタボロームデータのための多変量解析手法の開発など、統計解析に関する研究に取り組んできました。膨大なデータが得られるオミクスでは、得られたデータをどのように解析するか、が非常に重要となります。これから1年間、統計解析について、特にメタボロームデータなどのオミクスデータを扱う際に起こりうる、この分野特有の問題点や、統計関連の学会参加報告などを書いていく予定にしていますので、よろしくお願いします。
初回は5月20日～22日に日本計量生物学会の年会に参加し、その様子をご報告する予定だったのですが、残念なことに新型インフルエンザの影響で学会が中止になってしまいました。そこでその代わりと言ってはなんですが、今回はオミクスデータの判別問題について少しご紹介したいと思います。…
メタボロミクスが華ひらくとき
こんにちは HMTの大賀です。
先週は鶴岡市を流れる赤川で花火大会がありました。「全国デザイン花火競技会」として毎年行われるこの花火大会、今年は夜空に 10,000 発以上の華が咲き、普段は閑静な川辺も多くの人で賑わいました。
ところで、技術や学問にも、華ひらくとき があるものです。
何をもってその時とするかは人それぞれの意見があるかと思いますが、世に広く知られるという意味で、いわゆる「メジャーな科学誌」に論文が発表されることが一つの目安になるかと思います。
メタボロミクスに関する論文も、これまでいくつかの有名な科学誌に掲載されていますが、今回はその中でも、メタボロミクスが世に広まりはじめた2000年代前半にNature Biotechnology 誌に掲載された 2 つの論文をご紹介したいと思います。…