マルチオミクス

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【研究者インタビュー】東京大学総括プロジェクト機構 総括寄付講座「食と生命」加藤久典特任教授

今回は、東京大学総括プロジェクト機構 総括寄付講座「食と生命」で栄養と体の関係について研究をしておられる加藤久典先生にお話を伺いました。加藤先生の研究室には、2011年にHMTメタボロミクス研究助成を受賞された高橋祥子さん(コーヒー摂取による抗肥満・抗糖尿病効果の作用機序に関するメタボロミクスを用いた系統的検討)も所属していらっしゃいます。

―まず初めに、先生のご研究について簡単に説明していただけますか?…

いまアツいメタボローム解析とは? -代謝フラックス解析⑧

こんにちは、B&Mの大賀です。木枯らしが吹く季節になりましたね。こちら鶴岡もここ数日は風が強く、冬が目の前に迫ったことを思い出させてくれます。

さて、2ヶ月にわたって最近のフラクソミクス研究を取り上げてきたこのシリーズも今回がラスト。最後に注目したいのは、ごく最近に発表された酵母育種に関する報告です。この研究では、代謝フラックス解析にメタボロミクス、そしてトランスクリプトミクスのデータも加えたマルチオミクスの試みがなされています。…

4つ目の代謝経路

こんにちは、バイオメディカルグループの大賀です。

こちら鶴岡研究所、今日は新年度に向けての席替えを行っています。デスクと一緒に気持ちも入れ替えて、新しい年度の幕開け準備が整いました。

そういえば、この4月からはじまるものの一つに、Nature Group から新発刊される「Nature Communication」がありますね。Natureというと私、個人的には購読するか否か悩ましい「お高い」ジャーナル、というイメージがあるのですが、Nature Communication はオープン・アクセス・ジャーナル とのことです。創刊号として掲載されるのはどんな論文でしょう?楽しみですね。

そんなNature(本誌)先週号に、面白い論文が掲載されていました。…

[第4回マルチオミクス] ワールブルグ効果の再興―がんは代謝研究だった?

こんにちは、バイオメディカルグループの篠田です。今回はがんとメタボロミクスについてお話しします。

昨今、がんは遺伝子の病気ということになっており、例えばWikipediaで”がん(悪性腫瘍)“を調べると、

がんは、遺伝子の突然変異によって発生する。



と最初に書かれています。…

アジレントメタボロミクスセミナー@東京

こんにちは、HMTの井元淳です。

大阪に引き続き2月26日には東京でアジレント社のメタボロミクスセミナーが行われました。東京でも100名の枠に対し、112名の方が参加してくださいました。ありがとうございます!

内容は大阪と同じなので、今回はHMTから講師として参加した4名を紹介します。

[第3回マルチオミクス] 超多重リン酸化修飾のナゾ

バイオメディカルグループの篠田です。以前のメタブローグで、昨今のリン酸化プロテオミクスのめざましい進展にともない、タンパク質のリン酸化修飾サイトが、これまでの予想より広汎に存在することがわかってきたが、その意義は未解明である、と紹介しました。

上記の傾向は、高等生物になるほど顕著で、原核生物では、1つのタンパク質につき7個以上のリン酸化修飾(セリン、スレオニン、チロシン)のサイトが存在することは非常に稀ですが、真核生物では、1つのタンパク質につき150サイト以上も珍しくありません。

今回、その「超多重リン酸化」の生物的意義の一端をシステムズバイオロジーの手法で解明した論文が、ハーバード大学のグループから出たので、紹介します。…

[第2回マルチオミクス] プロテオミクス技術はどのくらいのタンパク質を明らかにするか?

バイオメディカルグループの篠田です。マルチオミクスシリーズ第三弾として、プロテオミクスについて取り上げます。

質量分析計の発達により、一度に数千個のタンパク質を同定した論文が普通になり、さらにSILAC法を代表とする、複数種類の安定同位体アミノ酸を培養細胞に取り込ませピークを比較する方法で、定量的解析もできるようになりました。ノンコーディングRNAもあるとは言え、タンパク質が生命システムの主役であることを考えると、すでに我々は生命の部品カタログの完成に近づいているように思えますが、実際のところはどうなのでしょうか? 最新の論文から、プロテオミクス技術でどのくらいのタンパク質が見えるのか、まとめてみました。…

[第1回:マルチオミクス] ポストゲノムと次世代シーケンサー(後編)

バイオメディカルグループの篠田です。ポストゲノムがもたらした次世代シーケンサーについて・後編です。前編はこちらから。前編では次世代シーケンサー以前のシーケンシング法について触れました。後編ではいよいよ次世代シーケンサーについてです。シーケンサーの次世代化・超ハイスループット化はどのように実現されたのでしょうか?各社で方法は異なりますが、コンセプトは共通です。…

[第1回:マルチオミクス] ポストゲノムと次世代シーケンサー(前編)

バイオメディカルグループの篠田です。今回は、ゲノミクス、話題の次世代シーケンサーについてです。

次世代シーケンサの開発競争は激しく、ロシュの454、イルミナ社のGenome Analyzer、アプライド社のSOLiDなどが競っており、最新の情報に追いつくだけでも大変なように感じます。シーケンスやPCRの原理も各社で異なります。

しかし、基本となる「コンセプト」は、とても似通っています。…

[プロローグ:マルチオミクス] なぜ”ほかのオミクス”が必要か?

バイオメディカルグループの篠田です。

学会やセミナーにいくと、HMTのブログ見てます!という声をちらほらと聞いて、うれしく思っています。もっと読者が増えるように、皆さんのお役にたつ技術情報を書いていきます。まずは、隔月の6回シリーズで「ほかのオミクス」について書いていきます。

今回はプロローグとして、「なぜ”ほかのオミクス”が必要か?」がテーマです。…

メタボロ太郎なう

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