メタブローグ
ABC’s of Metabolomics
第4回多変量解析を用いたメタボロームデータ解析 - スコアプロットとローディングプロット
研究開発本部の山本です。前回はフリーの解析サービスであるMetaboAnalystを用いてオミクスデータに対して主成分分析を行う具体的な手順についてご説明しました。
今回は前回省略した欠損値補完とスケーリング、主成分分析の結果の解釈についてご説明したいと思います。…
第3回多変量解析を用いたメタボロームデータ解析 - MetaboAnalystを用いた主成分分析
研究開発本部の山本です。前回は、フリーで利用可能なメタボロームデータ、トランスクリプトームデータをご紹介しました。今回はこれらのオミックスデータに対し、フリーの解析サービスであるMetaboAnalystを用いて主成分分析を行う具体的な手順についてご紹介します。…
バイオマーカー探索 その8 – 大規模データの多変量解析に向けた絶対定量の必要性
研究開発本部の藤森です。約1年間バイオマーカー探索についてのコラムを書いて来ましたが、今回で最終回です。
疾患バイオマーカーの探索を目的として研究を行う場合、メタボローム解析から得られるデータは通常相対定量値です。しかし臨床の現場では「物質Aの血中濃度がXμM以上(以下)であればその疾患に罹患している（していない）」と判断されるので、この時点では絶対定量値が算出できる必要があります。…
第2回多変量解析を用いたメタボロームデータ解析 - オミクスデータのダウンロードとマトリックスデータの準備
研究開発本部の山本です。今回は、多変量解析を行うためのオミクスデータの準備についてご説明したいと思います。
メタボロームデータの公開データベースとして有名なものには、MetaboLightsと、XCMS onlineのPublic Sharesがあります。しかしこれらのデータは、測定データそのものであり、多変量解析をすぐに行える状態の、サンプル × 代謝物質のマトリックスのデータになっていません。
そこで今回は、公開されたデータで、かつ比較的すぐに多変量解析が出来るオミクスデータとして、慶應義塾大学の大腸菌マルチオミクスのデータベースと、National Center for Biotechnology Information(NCBI)のGEO(Gene Expression Omnibus)の2つのデータベースをご紹介いたします。…
第1回多変量解析を用いたメタボロームデータ解析 - 多変量解析セミナー・学会報告
研究開発本部の山本です。
8月22日、29日、10月23日、24日に、東京・大阪で弊社主催『多変量解析を用いたメタボロームデータ解析』を開催し、セミナー講師を務めさせていただきました。たくさんの方に来ていただき、アンケートの結果でも概ね満足していただけたようで、安心しています。
今後もセミナーを行ってほしいというご意見も頂いておりますが、今回参加できなかった方々向けに、多変量解析セミナーの内容をメタブローグで数回に分けてご説明したいと思います。参加された方の復習としてもご活用いただければと思います。
またこれまでにも本ブログで、メタボロミクスと統計解析について書いていますので、そちらもぜひご一読ください。
今回は、10月4日に第3回生命医薬情報学連合大会で口頭発表をした時の様子をご報告します。…
バイオマーカー探索 その7 – 網羅解析で顕在化するリスク
研究開発本部の藤森です。今回は、疾患バイオマーカー探索におけるメタボロミクスデータのリスクについてお話したいと思います。
健常者群とある疾患の患者群において、疾患バイオマーカーとなる代謝物質を液体クロマトグラフィー-飛行時間型質量分析計(LC-TOFMS)あるいはキャピラリー電気泳動-飛行時間型質量分析計(CE-TOFMS)によるメタボロミクスを用いて探索した場合、メタボロミクスデータとして、ピークの保持/移動時間、質量電荷比および面積を得ることができます。
健常者群と患者群で面積が大きく異なるピークが見つかったら、そのピークの保持/移動時間と質量電荷比の情報に基づいてそれがどの代謝物質に相当するかを決定し、それがバイオマーカー候補となります。
このとき注意しなくてはならないのが、ピークが一つであったとしても、保持/移動時間も質量電荷比も同じの2つ（以上）の代謝物質に由来している可能性があることです。
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【研究者インタビュー】東京大学総括プロジェクト機構 総括寄付講座「食と生命」加藤久典特任教授
今回は、東京大学総括プロジェクト機構 総括寄付講座「食と生命」で栄養と体の関係について研究をしておられる加藤久典先生にお話を伺いました。加藤先生の研究室には、2011年にHMTメタボロミクス研究助成を受賞された高橋祥子さん（コーヒー摂取による抗肥満・抗糖尿病効果の作用機序に関するメタボロミクスを用いた系統的検討）も所属していらっしゃいます。
―まず初めに、先生のご研究について簡単に説明していただけますか？…
【研究者インタビュー】鳥取大学医学部 三浦典正准教授 (後篇)
鳥取大学医学部 三浦典正先生へのインタビュー、後篇です。前篇はこちら。
―先生のご研究へのモチベーションとなっているものは何ですか？
医師になろうと思ったきっかけは、ちょうど大学に入る前に「死よ驕るなかれ
」という本を読んだことです。未分化型脳腫瘍のお子さんの闘病記なんですけど、書いておられるのは父親で、アメリカ人のジャーナリストの方です。お子さんの闘いぶりを読んで、癌がこの上なく憎たらしくなりまして、医学部に進みました。…
【研究者インタビュー】鳥取大学医学部 三浦典正准教授 (前篇)
今回は、鳥取大学医学部病態解析医学講座でがん研究をしておられる三浦典正先生にお話を伺いました。前篇・後篇に分けてお届けします。
三浦先生が2014年1月に発表された、癌を非癌状態に変化させるマイクロRNAについての発表（Scientific Reports）は様々なメディアで取り上げられていたのでご存知の方も多いかと思います。2011年にHMTメタボロミクス研究助成を受賞された篠田和香さんも三浦先生の研究室で研究されていました。
―まず初めに、先生のご研究について簡単に説明していただけますか？…
バイオマーカー探索 その6 – 代謝物質の安定性
研究開発本部の藤森です。今回は疾患バイオマーカー探索における代謝物質の安定性の問題に関してお話ししようと思います。
ゲノムは基本的に安定なので、塩基配列の差異をバイオマーカーとして評価する場合、異なる時期に採取した血液検体のゲノムシークエンシングの結果を比較するのは比較的容易であると考えられています。
凍結保管血液中のゲノムは安定かつ定量性が問われないため、異なる時期に行ったゲノムシークエンシングの結果は比較可能です。それぞれ血液検体を採取した時にゲノムシークエンシングを行いその結果を比較しても、採取した血液検体を保管しまとめてゲノムシークエンシングを行いその結果を比較しても、結果に違いはないと考えられています。
一方、代謝物質の定量性をバイオマーカーとして評価する場合、凍結保管血液中の代謝物質は安定でなかったり、異なる時期に行ったメタボローム解析データの相対定量値を比較できないといった、解決しなければならない課題が生じます。…