プラン選択・仕様等

ご注文について

どのように注文すれば良いですか?

HMTのメタボローム受託解析「ご依頼方法~その後の流れ」をご覧ください。
また、各種資料ダウンロードページにカタログ、アノテーションリスト(解析可能な物質一覧)もございますので、是非ご利用ください。
ご注文にあたり、まずはお問い合わせください。

試験目的に沿ったHMTプランのご紹介やサンプルの準備時にご注意いただく点など、HMT担当営業が直接お伺いしてサービスについてのご説明をいたします。
(電話・メールでのご連絡やウェブでの面談となる場合もございます)。
お問い合わせの際に、
・分析したいサンプルの種類や状態、数
・特に注目している代謝物質(あれば)
・ご予算の規模や期限など
・メタボローム解析のご経験
などを記載いただきますと、その後の対応がスムーズになります。

お客様のご要望をお聞きしたうえで、解析サービスのお見積りを作成いたします。
見積書と同時にお渡しする発注書に、必要事項をご記入のうえFAXにてご送付いただきますと、正式な発注となります。

 

価格・納期はどれくらいかかりますか?

価格につきましては、プラン・サンプル数等により異なりますので、お問い合わせください。

納期につきまして、多くのプランでサンプル受領から概ね30日程度で結果をお返しすることが可能です。 ただし、オメガスキャンメディエータースキャンにつきましては、60日程度の納期となる場合がございます。

サンプル数やサンプル種、あるいはご注文の時期等で納品までのお時間が変動することがございますが、お急ぎの場合等は担当営業までご相談ください。

 

どのプランを選べばいいかわかりません

注目している代謝物質、代謝経路によってお選びいただくことをお勧めいたします。

HMTメタボローム受託解析プラン
上記画像を参考に、
・エネルギー代謝以外にも広範な代謝物質を確認したい場合にはベーシックスキャン
・未知物質を含めた網羅解析ならばアドバンストスキャン
・微量サンプルの解析や高感度解析を必要とされる場合にはオメガスキャン
・特にエネルギー代謝に興味がある場合にはシースコープ
・安定同位体を用いたラベル解析であればエフスコープ
・脂溶性の代謝物質についても興味がある場合にはデュアルスキャン
・脂質メディエーターに着目されているのであればメディエータースキャン
・脂溶性の代謝物質に特化して詳細な解析を行いたい場合にはリピドーム解析
をお選びください。

 

測定物質について

どのような代謝物質が測定できるのですか?

測定プランごとに対象となる物質は異なります。
各種資料ダウンロードページにアノテーションリスト(解析可能な物質一覧)がございますので、そちらをご参照ください。
いずれの物質についても、サンプル中での存在量が検出限界を超えていた場合にのみ値をご報告いたします。

 

測定サンプルに関して

サンプルの種類について

どのようなサンプルの分析が可能ですか?

生体由来のサンプルでしたら、ほとんどのサンプルが分析可能です。
ただし、サンプルの状態やサンプルの前処理の方法によっては分析できない場合もございますので、以下の質問項目もご覧ください。

 

分析できないサンプルはありますか?

分析が難しいサンプルとして、代謝物質の抽出がうまくいかないもの、抽出した代謝物質の濃度に大きな偏りがあるものが挙げられます。

前者は、粘性が非常に高いものや、種や骨などの硬いサンプルが該当します。ただし、お客様のお手元で破砕や代謝物質の抽出を行っていただく場合には測定可能となる場合がございます。
後者は、海水などの塩濃度が非常に高いものや、また、特定の代謝物質を非常に多く含む飲料などが該当します。そのほか、同一試験の中にpHが大きく異なるサンプルが含まれている場合なども分析が困難になる場合がございます。
これらのサンプルの測定時には希釈を行うため、相対的に濃度の低い他の代謝物質が検出されづらくなり、検出物質数が著しく少なくなってしまう可能性がございます。

 

注意が必要なサンプル種はありますか?

種類ごとに主な注意点を記載しておりますので、以下の質問で該当するサンプル種の項目をご確認ください。

また、HMTのメールニュース会員限定コンテンツとして更に詳細な検体採取時のポイントや検体送付時のポイント等をご紹介しておりますので、そちらもぜひご覧ください。

 

ヒト由来のサンプル

ヒト由来のサンプルについては、ウイルス、微生物等の感染がないことをご確認いただいた上で送付をお願いしております。
感染が疑われる検体、あるいは感染性疾患等の検体の分析を希望される場合には、お客様に除タンパク等の処理を行っていただく必要がございます。
また、試料の疾患情報や匿名性などについての情報提供もお願いしておりますので、ご了承くださいますようお願いいたします。

 

血液サンプル

全血、血漿、血清、いずれも測定実績はございますが、HMTでは血漿サンプルを推奨しております。
これは、全血ですと血球成分由来の代謝物質の影響を考慮する必要があり、血清ですと静置の時間、環境による代謝物質の変動が考えられるためです。
ただし、先行する実験等で全血や血清を用いられている場合には、条件を変えずに解析されることをお勧めいたします。
また、血漿サンプルの準備の際に用いる抗凝固剤に関しては、EDTAを推奨しております。

 

液体(血液、培地、培養上清等)サンプル

基本的な測定については問題なく行うことが可能ですが、細胞を含まないこうしたサンプルの場合、一般に、グルコース 6-リン酸など細胞外の存在量が少ないと考えられる物質が検出されづらい傾向にあります。
そのため、解糖系を中心としたエネルギー代謝経路の解析を行うシースコープのプランでは検出物質数が少なくなることが予想されますので、お客様の目的に沿ったプランかどうかをよくご検討ください。

 

植物サンプル

野菜や果物を含め、植物サンプルは基本的に測定可能です。特定の種類、部位についての測定実績につきましてはお問い合わせください。
植物においては、部位ごとに代謝物質量が大きく異なることも予想されますので、どの部位を試験に用いるか、あるいは含水量等を含めた補正重量の扱いをどうするかといった検討も重要となります。
また、根や種子等、HMTでの破砕が困難なサンプルについては、お客様に代謝物質の抽出をお願いする場合がございます。

 

発酵調味料、エキス等

基本的に問題なく測定が可能だと考えられますが、塩濃度が高い場合や粘性が高い場合、特定の代謝物質が多量に存在する場合などは、希釈を行う関係で検出物質数が少なくなる可能性がございます。

 

サンプル量について

必要なサンプル量はどのくらいですか?

必要となるサンプル量は、測定に用いる装置によって異なります。
一例として、CE-MSを用いた解析(ベーシックスキャンシースコープ等)では下記の必要量となります。
記載の量より少ないサンプル量であっても解析することは可能ですのでご相談ください。

サンプル種 備考 必要試料量
(水溶性代謝物質解析)
血液 血漿・血清
(全血は別プロトコル)
120 μL
尿 100 μL
糞便 30 mg
動物組織 肝臓, 脳, 筋肉など
(白色脂肪組織は別プロトコル)
20~40 mg
培養細胞 接着細胞、浮遊細胞 1.0~5.0×106 cells
培養細胞
(細胞径が特に小さいもの)
血球細胞等 1.0~5.0×107 cells
培地・培養上清 240 μL
微生物 大腸菌など
(直径が1 μm程度のもの)
20/OD600相当
微生物(直径が大きいもの) 酵母など
(直径が10 μm程度のもの)
10/OD600相当
植物組織 葉, 茎, 果実など 20~50 mg
食品(固体) 100 mg
食品(液体) 1,000 μL(1 mL)

また、解析に供するサンプル量は補正値として用いる重要な値となりますので、必ず正確な秤量、計測の上お知らせいただきますようお願いいたします。

 

微生物のサンプル量に記載がある「/OD600」とは何ですか?

「/OD600」は、(OD600の値)× mLを意味します。たとえば「20/OD600」の場合は、サンプルのOD600値が0.5であった場合に40 mL分の、OD600値が2.0であった場合に10 mL分の菌体量が必要となります。

 

必要なサンプル量を集めることが難しいのですが?

ご用意いただける範囲の試料量で解析可能な場合もございますので、お問い合わせください。
また、マウス組織等の場合ですと、複数の個体から回収した上で1検体とみなすという方法が有用な場合もございますので、ご相談ください。

 

補正値とは何ですか?

HMTのメタボローム解析においては、元のサンプル量によらず一定量の溶液で代謝物質を抽出・測定してから、元のサンプル量を用いて補正計算を行い、単位量あたりの代謝物質量を計算します。
そのため、補正が正確に行えない場合は、見かけ上の代謝物質の量の差がサンプル間の差異に由来するものなのか、あるいはサンプルそのものの量に由来するのかが不明瞭になってしまいます。
特に動植物の組織サンプルや細胞サンプルにつきましては、重量の計測や細胞数の計測など、補正のための値を必ず取っていただくようお願いいたします。
また、水分含有量の差が重量に影響を与える場合もありますので、水分含有量などが大きく異なると考えられるサンプルの場合、前もって凍結乾燥等の実施を推奨する場合がございます。
培養細胞ですと、細胞種によって大きさが異なる場合や薬剤処理によって細胞の大きさが変わってしまう場合などは、細胞数ではなくタンパク質量等での補正が有効となる場合もございます。

 

サンプルの重量がわからないですが良いですか?

HMTでのサンプルの秤量については、有償でのご対応となります。
凍結サンプルの場合には再融解の危険性もあるため、可能な限りお手元で秤量していただいた上でご送付いただきますようお願いいたします。
弊社での裁断、分注なども有償にて承っております(ただしヒト由来の検体は不可)が、部位の指定等にはお応えできません。

 

試験デザインについて

サンプルサイズ(n数)はどれくらい必要でしょうか?

HMTの推奨検体数は、1群あたり培養細胞・微生物の場合は1~3程度、飼育動物・栽培植物の場合は3~10程度、臨床検体・野生動植物の場合は20~です。
培養細胞・微生物の場合、細胞集団の不均一性を解消(同調)できるときはn=1でも十分な結果となることがあります。
飼育動物・栽培植物の場合、薬剤応答などを検証する場合はn=3でも有用な結果となりえますが、単純な差分解析の場合はn=5~10が望ましいです。
臨床検体・野生動植物の場合、個人差についてはn=20程度で評価できる可能性があります。症状がはっきりしている場合はn=20程度、群内の不均一性(精神疾患で症状が個々で異なるなど)を考慮するとn=50程度が望ましいと考えられます。ただし、いずれの場合も年齢、性別、BMIなど予測できる限りの交絡因子を排除できるよう無作為割付する必要があります。
なお、どのサンプル種においても、論文投稿の際に査読者からサンプルサイズを指摘される可能性は否定できません。先行研究で用いられているサンプルサイズを参考にすることを推奨いたします。
試験デザインについてお悩みの場合はご相談ください

 

複数回にわけて解析を行おうと考えていますが、問題はありますか?

質量分析計(MS)の性質上、代謝物質量は多くのプランで「相対面積値」によるご報告となります。
相対面積値は単位をもたないため、異なる試験系で報告された相対面積値どうしを比較することはできません。
HMTのシースコープなどの定量値をご報告するプランや定量オプションでは、測定前に一定濃度の標品を測定し、その値から検量線を作成して濃度の計算を行うため、データの統合や試験間の比較が可能になると期待されます。
ただし、試料の準備段階における抽出効率の誤差や保存期間中の代謝物質の分解等、試験間での統合が困難になる要因もありますので、注意が必要な場合もございます。

 

サンプルはどのように保管・送付すれば良いですか?

常温保存・冷蔵保存が可能なサンプル(食品等)についてはその条件で、その他のサンプルは-80℃での保管を推奨しています。
HMTへのサンプル送付の際には、ご発注後にHMTからサンプル送付専用の通い箱およびサンプル調製方法のご案内をお送りいたします。
このご案内に従ってサンプリングしていただき、通い箱にサンプルをお入れいただいた後、宅配便のクール便(冷凍タイプ)にてサンプルをご送付いただきます。
(常温・冷蔵保存のサンプルの場合はそれぞれ常温、あるいは冷蔵での輸送となります)
また、冷凍便をご利用の際には、通い箱の中にドライアイスを入れていただきますようお願いいたします(目安としては1箱あたり3-4 kg)。

 

測定結果に関して

報告書について

報告書はどのような形式でしょうか?

解析結果が出た後、HMTにて報告書の作成を行い、報告書(PDFファイル)と各検体の分析データ(Excelファイル)を納品いたします。
報告書には基本的な測定条件のほか、主成分分析(PCA)や階層的クラスタリング解析(HCA)結果のヒートマップ、パスウェイマップ等が掲載されます(プランや検体数によっては付属しない場合もございます)。
デモ報告書もございますので、ご希望の方はぜひお問い合わせください。

 

主成分分析(PCA)とは何ですか?

主成分分析は元のデータの情報を出来るだけ失わないように2次元(または3次元)に変換し、大きなサイズのデータを視覚的に理解する目的でよく用いられる解析手法です。
HMTのメールニュース会員限定コンテンツに更に詳細な説明がございますので、そちらもぜひご覧ください。

 

階層的クラスタリング解析(HCA)とは何ですか?

クラスタリングとは対象間の距離を定義し、距離の近さによって対象を分類する統計手法の一つです。
クラスタリングの手法は様々ありますが、HMTでは傾向の似たサンプルを併合してグループにまとめる階層的クラスタリング(Hierarchical Cluster Analysis)を用いています。
HMTでは、クラスタリング結果を数値の大小を色の濃淡で表現するヒートマップで視覚的に表示して報告書に記載いたします。

 

パスウェイマップとは何ですか?

HMTでは、複数検体の測定データを1つのグラフにまとめ、代謝経路図へマッピングした図を報告書に記載いたします(ヒト代謝経路をもとにした代謝経路図)。
分析結果を視覚的に検討することができ、データの考察を行う上で非常に有用となります。

 

研究結果を論文にしたいのですが、マテリアルアンドメソッドは教えてもらえますか?

ご用意しておりますので、担当営業にお問い合わせください。

 

測定データについて

報告書される数値は何を意味しているのですか?

多くのプランでは、質量分析計(MS)から出力されたピーク面積値をもとに、分析感度や試料量のずれを補正した値であるRelative Area(相対面積値)をご報告しています。
シースコープなどの定量値をご報告するプランや定量オプションでは、測定前に一定濃度の標品を測定し、その値から検量線を作成し、そこから計算したサンプル中の代謝物質の濃度もご報告しております。

 

相対面積値を後から定量値に変えることはできますか?

HMTの定量オプションで対象となっている110種の物質(アノテーションリストにおいて「Q110」の注記があるもの)については、後日でも定量値の報告を行うことが可能な場合がございます。
それ以外の物質については、測定の後から定量値をご報告することはできませんのでご了承ください。

 

検出限界はどれくらいですか?

試料の状態などによるため、各代謝物質の検出限界に関してご案内することはできません。予めご了承ください。

 

分析結果に関する知的財産権は誰のものになりますか?

メタボローム解析から得られる分析結果についての知的財産権はお客様に帰属します。