メタブローグ
朝から晩までメタボロームなHMT社員のブログ
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[第1回：マルチオミクス] ポストゲノムと次世代シーケンサー(後編)
バイオメディカルグループの篠田です。ポストゲノムがもたらした次世代シーケンサーについて・後編です。前編はこちらから。前編では次世代シーケンサー以前のシーケンシング法について触れました。後編ではいよいよ次世代シーケンサーについてです。シーケンサーの次世代化・超ハイスループット化はどのように実現されたのでしょうか？各社で方法は異なりますが、コンセプトは共通です。…
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研究開発本部の山本です。今回は、多変量解析を行うためのオミクスデータの準備についてご説明したいと思います。
メタボロームデータの公開データベースとして有名なものには、MetaboLightsと、XCMS onlineのPublic Sharesがあります。しかしこれらのデータは、測定データそのものであり、多変量解析をすぐに行える状態の、サンプル × 代謝物質のマトリックスのデータになっていません。
そこで今回は、公開されたデータで、かつ比較的すぐに多変量解析が出来るオミクスデータとして、慶應義塾大学の大腸菌マルチオミクスのデータベースと、National Center for Biotechnology Information(NCBI)のGEO(Gene Expression Omnibus)の2つのデータベースをご紹介いたします。…
バイオメディカルグループの篠田です。
学会やセミナーにいくと、HMTのブログ見てます！という声をちらほらと聞いて、うれしく思っています。もっと読者が増えるように、皆さんのお役にたつ技術情報を書いていきます。まずは、隔月の6回シリーズで「ほかのオミクス」について書いていきます。
今回はプロローグとして、「なぜ”ほかのオミクス”が必要か？」がテーマです。…
