メタブローグ
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『日本東洋医学会総会』参加レポート
こんにちは、B&M の大賀です。先週は名古屋で開催された『第61回 日本東洋医学会総会』に参加してきました。
東洋医学、特に漢方については以前から個人的な興味もあったのですが、メタボロミクスが活躍できる分野としての期待も持っています。実際にお隣の国、中国や韓国を中心に、この分野に於けるメタボロミクス研究の成果は増えつつあります[1,2]。
一方、本邦では現在のところ、まだ漢方医療の研究とメタボロミクスが密接には繋がっていないように感じています。そこで、現在の東洋医学にはどういった課題があるのか、またその中でメタボロミクスをどう活用できるか、という点を勉強してきました。…
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研究開発本部の山本です。前回は主成分スコアプロットとローディングプロットをどのように利用するか、その見方についてご紹介しました。
今回は、前回説明したローディングについて、生物学的解釈につなげていくために「ローディングの中身」についてご説明したいと思います。
ローディングと一口に言っても、英語ではloading、PCA loading、factor loading、weight vector、eigenvector、日本語では因子負荷量、主成分負荷量、など実は様々あるのですが、混同されていることが多いです。今回は、「因子負荷量（factor loading）」と言われているものについて考えていきましょう。…
こんにちは。バイオメディカルグループの大橋です。東京は春の陽気だそうですね。
先週に引き続き「代謝プロファイルから示されるサルコシンの前立腺がん進行への関与 (Nature誌)」について、メタボロミクスの研究者として、どのようにこの論文を解釈しているかについての私見を述べてみたいと思います。
前編は[こちら]
みっつめのポイントは、組織メタボロミクスデータからサルコシンという物質への絞込みです。組織のメタボロミクスデータから変化している代謝物質を絞り込む過程は、多くの容疑者から真犯人を割り出すようにスリリングです。
使われている手法も適切ですし、permutationという数値置換群によるテストを行い、妥当性も検討しています。著者らは、まず良性腫瘍 (benign)と悪性腫瘍 (PCA)を比較し、37種のアノテーションの付いた代謝物質を抽出します。ここで、未同定ピークには目もくれないところから、生化学的合理性に主眼を置いていることが読み取れます。…
